舞鶴学園には子ども達の自治組織として『子ども会』があります。子ども会の発足は大舎のころにさかのぼりますが、自らの生活を見つめ考え、創っていくという理念は小舎制になっても引き継がれ、毎月一度は全員が一堂に会し『全員集会』を行っています。
毎年４月に選挙を行い、リーダーを選出しています。
卒園生を送り出すレクレーション大会や、各家対抗｢手作りお菓子づくりコンテスト｣などのイベントを企画実行しています。また、毎年夏休みには一泊で合宿を行い、親睦を図ると共に会の運営などについて話し合っています。